Мирная жизнь сибирского крестьянства, наступившая в 1917 году при установлении Советской Власти, была прервана гражданской войной. В конце мая 1918 года вооруженные силы белочешского корпуса и внутренняя контрреволюция по указке Антанты выступили против новой власти в Поволжье, на Урале, в Сибири. Начался возврат прежних эксплуататорских порядков. Был установлен кровавый колчаковский режим. 2 сентября 1918 года в ответ на объявленную мобилизацию в белогвардейскую армию восстали крестьяне Славгорода и села Черный Дол (ныне село Архангельское). Несмотря на то, что это восстание было жестоко подавлено, борьба рабочих и крестьян Алтая за Советскую власть не прекратилась, а, наоборот, усилилась. Село Рубцовка и железнодорожная станция, насчитывавшие 7085 жителей, оказались одним из центров, где группировались силы контрреволюции. Отсюда карательные отряды белых выступали на подавление крестьянских волнений. При железнодорожной станции постоянно находились один-два бронепоезда, между Барнаулом и Семипалатинском курсировали карательные поезда с надписями: "С нами бог и атаман Анненков". Из Рубцовки колчаковцы совершали налеты по окрестным деревням, отнимали у крестьян лошадей, фураж, продукты, насильно мобилизовывали крестьянских парней в белую армию. Уклонявшихся от мобилизации и выполнения предписаний офицеры драли плетьми и шомполами, активистов и сочувствующих большевикам расстреливали без суда и следствия.
В 8 июле 1918 года колчаковцы привезли в Рубцовку и жестоко расправились с членами Таловского волостного Совета и первым председателем Змеиногорского уездного Совета П.И.Молостовым. В ответ на репрессии крестьяне и рабочие Алтая под руководством большевиков развернули массовое партизанское движение против колчаковской диктатуры. За лето 1919 года в различных районах края сложились очаги партизанского движения. В Славгородском уезде развернул боевые действия Ефим Мамонтов, в Каменском уезде белых били партизаны Игната Громова, в предгорьях Алтая партизаны Ивана Третьяка и Причумышье - отряд Григория Рогова. Выполняя решения ЦК РКП/б от 19 июля 1919 года, партизаны от разрозненных отдельных выступлений стали переходить к осуществлению крупных боевых операций. В начале октября из разрозненных партизанских отрядов был сформирован отдельный корпус по типу регулярной Красной Армии, в который вошли 8 полков. Главнокомандующим был избран Е.М.Мамонтов, начальником штаба А.Б.Жигалин, до этого работавший в Рубцовке заведующим организационно-инструкторским отделом Змеиногорского союза кооперативов. К концу освобождения Алтая личный состав партизанской армии превышал 40 тысяч бойцов. При Рубцовском депо, в котором насчитывалось 268 рабочих, в те дни действовала подпольная организация большевиков. Ее возглавлял слесарь депо Федор Тихонович Устинов.
Подпольщикам удалось установить связь с окрестными селами, партизанскими отрядами и солдатами белой армии. Они снабжали солдат поддельными документами, помогали им скрываться. Бежавших из белой армии и пожелавших бороться с Колчаком подпольный комитет направлял в места формирования партизанских отрядов. По доносу некоего Рябоволюка, работавшего помощником машиниста, каратели схватили подпольщиков Иванова и Прохорова, подвергли их пытке и расстреляли. Мужественно приняли смерть рубцовчане, не выдав своих товарищей. 14 сентября 1919 года в Ново-Егорьевке партизаны Мамонтова дали бой колчаковскому отряду капитана Каурова, насчитывавшему до 900 человек, разбили его и захватили пулеметы, винтовки и боеприпасы. Остатки белых отступили в Рубцовку. Преследуя противника, партизаны, по дороге захватив в плен неприятельскую разведку, 10 человек с лошадьми, к утру 15 сентября подошли к Рубцовке. В партизанский отряд входили 1-й Алейский и 6-й Кулундинский полки под командованием Тибекина и Шевченко.
На железнодорожной станции находился гарнизон белых в количестве 600800 человек при 2 орудиях и 68 пулеметах. В 11 часов 15 сентября начался бой на подступах к Рубцовке. Вот как описывает этот бой Яков Павлович Жигалин, будущий начальник штаба партизанской армии: "Партизан еще не было видно, а артиллерия белых била по степи в сторону бора. Я несколько раз поднимался на крышу дома и вглядывался в степь. Там рвались снаряды. Часов в двенадцать вдали, на ровной, как стол, степи задвигались черные точки. Партизаны медленно, но неуклонно приближались к станции. Вскоре уже можно было различить движущиеся цепи. Снаряды рвались между ними, вздымая столбы земли и дыма, а люди все шли и шли, как будто разрывы не имели к ним никакого отношения... Пулеметы белых рано вступили в бой, но их огонь с большого расстояния не причинял партизанам большого вреда, и они не отвечали, берегли патроны. День был солнечный, на небе ни облачка... Вскоре стало видно, что большинство партизан вооружены копьями или пиками. По цепям стали вспыхивать дымки выстрелов из охотничьих ружей. Вот зататакали партизанские пулеметы."Это наступали партизаны Алейского полка. И только подойдя метров на двести, они с криками "Ура-а!" бросились в атаку. В это же время конница Кулундинского полка пересекла линию железной дороги, пошла в обход Рубцовки с юга и начала наступление с тыла. Колчаковцы не приняли рукопашного боя, погрузились в броневик и отступили в сторону Семипалатинска, оставив около 200 человек убитыми и ранеными. Около сотни мобилизованных крестьянских парней добровольно перешли к партизанам.
По случаю разгрома колчаковцев главком Е.М.Мамонтов 18 сентября издал приказ 11, в котором сердечно благодарил партизан за взятие Рубцовки: "Вам, боевые честные орлы, поднявшим знамя и пику в защиту крестьянства, шлют сердечную благодарность революционные комитеты ваших сел и ждут новой победы..." По окончанию боя Жигалин вместе с товарищами Катышевым и Боброй примкнули к партизанам. Помощник главкома Захаров дал Жигалину револьвер и приказал отконвоировать в Солоновку одного буржуя, оказавшего сопротивление при конфискации его имущества. Так Жигалин с товарищами оказались в партизанской столице. Катышев и Бобра были определены в агитотдел Главного штаба, а Жигалин в следственную комиссию (партизанскую контрразведку). Вскоре его назначили заместителем секретаря Главного штаба. Победа партизан в Рубцовке имела не только большое военное, но и политическое значение. Она укрепила партизанскую веру в победу, уверенность в своих силах и способствовала белой армии. Не задерживаясь в Рубцовке, партизаны пошли вдоль железной дороги в сторону Поспелихи, по пути разрушая мосты и переезды. Вместе с ними ушли рабочие из депо и железнодорожной станции, организовав свой первый и единственный в Сибири железнодорожный батальон. Командиром был избран Ф.Т.Устинов, военным комиссаром - латыш Иоганн Вайсберг. Костяком батальона стали рабочие-железнодорожники. Среди них были Николай Дурнов, Петр Олейников, Павел Ушаков, Федот Котляр - более 70 человек. Ушли к партизанам санитарками рубцовские девушки Александра Бутырина и Ольга Мокроусова. Железнодорожный батальон героически сражался во многих боях, в том числе и в знаменитом Солоновском бою, где колчаковцам был нанесен сокрушительный удар. Чтобы наладить производство оружия, по поручению Мамонтова, железнодорожники сняли в депо и доставили в "партизанскую столицу" Солоновку металлорежущие станки, горны, наковальни, забрали медь, бронзу, свинец и олово... После ухода партизан колчаковцы вернулись в Рубцовку. Второе освобождение Рубцовки от белых произошло 21 октября. Как отмечает краевед Гришаев, план наступления на Рубцовку. впервые был разработан в виде диспозиции. До этого приказы (распоряжения) на бой, передвижение и маневры войск Мамонтов отдавал устно на совещании командиров или через адъютантов. Письменные диспозиции ввел в обычай Жигалин. В дальнейшем они разрабатывались перед каждым боем... Это значительно улучшило организацию управления и взаимодействия частей".
Вот выдержка из первой диспозиции о наступлении на Рубцовку: "Четвертый полк с железнодорожным батальоном в 2 часа 20 октября выступает через Ново-Егорьевское, Лебяжье на Веселоярское, где разрушает железную дорогу в ночь на 22 октября. Три батальона 2-го полка, 1-ый и 6-ой полки утром 21 октября выступают на Рубцовку, занимают ее и движутся по направлению к Семипалатинску. Эскадрон первого полка с подрывной командой в ночь на 22 октября делает набег на 35-ый разъезд, разрушает линию и движется на Рубцовку для присоединения к главным силам..." С точки зрения кадрового штабиста подобные диспозиции выглядят примитивно, но они свое назначение вполне оправдали. К вечеру 21 октября партизаны овладели Рубцовкой, они захватили 200 пленных, два пулемета и триста винтовок, много патронов, мануфактуры, медикаментов и другого имущества. Остатки колчаковцев бежали на Семипалатинск, так как 4-ый Семипалатинский полк опоздал и не смог своевременно перекрыть железную дорогу на Веселый Яр. После занятия Рубцовки партизанское командование разработало план наступления на Семипалатинск. Намечалась широкая операция с участием группы полков.
27 октября партизанские полки овладели станцией Аул, однако дальнейшее наступление было приостановлено из-за растянутости коммуникаций, слабой оперативной связи и недостатков в дисциплине, организованности, снабжении. Тем временем белые объявили Семипалатинск на осадном положении, провели мобилизацию среди населения. И 29 октября кадровые колчаковские части с помощью кулацких дружин "Святого креста" выбили партизан из Аула и заняли Рубцовку. Началась расправа с попавшими в плен партизанами и сочувствующими. Пьяные, озверевшие казаки ходили по улицам, хватали всех подозрительных и расстреливали. В их руки попали не успевшие скрыться пять мобилизованных солдат, бежавших из белой армии. Казаки среди бела дня учинили над ними расправу: водили по улице и издевались. Находившийся в селе партизан из армии Мамонтова из берданки застрелил двух казаков, и сам тут же был зарублен. Фамилии партизана и этих пяти солдат неизвестны. У стен депо расстреляли попавшего в плен бойца партизанской армии Григория Ларионовича Шаповалова, зверски убили Ивана и Петра Арьяновых, Максима Долгих, Никиту Кузнецова, Тимофея Ливанова и других рубцовчан. Их точное число и фамилии, к сожалалению, не установлены. Ставка Колчака, обеспокоенная быстрым ростом на Алтае партизанского движения, разработало план крупной карательной операции под командованием начальника тыла генерал-лейтенанта Матковского. Общая численность войск, брошенных против партизан, составляла 15 тысяч солдат и офицеров. Наступление началось во второй половине ноября из трех пунктов: Славгорода, Поспелихи и Рубцовки. В Рубцовке стояли три кавалерийских полка "черных гусар" и "голубых улан", получивших свое название по цвету башлыков и мундиров, общей численностью 3-4 тысячи сабель под командованием генерала Евтина. 13 ноября они начали наступление на Солоновку через Ново-Егорьевку и Волчиху. Полки дошли до озерных перешейков и села Лебяжье. Здесь их более суток, используя лесисто-болотистую местность, сдерживал десятый Змеиногорский полк Я.К.Шумского. Однако силы были слишком неравны. Партизаны отступили к деревне Усть-Кормиха и снова навязали сражение. Дальше колчаковцы не пошли. Вероятно, Евтин, получив сообщение о взятии Красной Армией иска и о разгроме полковника Окунева под Солоновкой, 17 ноября прекратил наступление и с остатками войск вернулся в Рубцовку. Под влиянием агитации партизан и успехов приближавшейся Красной Армии, в белой армии началось разложение. Так, 5-ый кадровый полк Семипалатинского гарнизона, посланный на борьбу с партизанами, не дошел до Рубцовки: по дороге солдаты разбежались, часть их пришла в партизанские отряды. 25 ноября казачьи части, несмотря на уговоры Евтина, ушли из Рубцовки. Здесь осталось полторы тысячи мобилизованных крестьян-новобранцев и добровольцев. "Проволочное ограждение станции снято, караул несут мобилизованные местные жители," - сообщил партизанам житель Рубцовки Дикарев. Новобранцы подняли восстание. Под руководством солдата Дербенева они арестовали несколько офицеров, а остальные укрылись в броневике и начали обстреливать восставших. Новобранцы послали делегатов в Ново-Егорьевку, где стояли 10-ый Змеиногорский и 4-ый Семипалатннский полки. Из этих полков был организован Рубцовский боевой участок под командованием Шумского, перед которым стояла задача освобождение Рубцовки и Семипалатинска. Партизаны подоспели вовремя. Без потерь 29 ноября они заняли станцию и село, навсегда освободив Рубцовку от колчаковщины. Бой был коротким. Четырех офицеров, взятых в плен, расстреляли, а остальных вместе с пленными новобранцами отправили в Солоновку.
Партизанам достались богатые трофеи: 13 пулеметов, 35 возов патронов, около 40 возов снарядов для орудий, два орудия и приблизительно тысяча винтовок, два броневика, два состава (один с классными вагонами, другой с теплушками). В этот же день партизанская армия Мамонтова в районе Павлодара соединилась с регулярными войсками Красной Армии. На Алтае шло освобождение.